Самое главное-то я и забыл сказать...
Поскольку, нужного инструмента не существует, то его нужно написать самому. Вот тут-то и появляются неприятные ощущения.
А практически все нормальный "инструменты"используют для правок БД либо SQL либо функции официального API - так что разница такая же как при работе с файлами через файловый менеджер vs командной строкой. 
Может, аналогия с файловым менеджером и применима, но если я правильно понял Влада, то у него вполне определённая проблема, которую можно решить внешним инструментом (если такая возможность отсутствует в SQL).
Например, есть две таблицы. В одной имеются реквизиты владельцев, а в другой - реквизиты счёта. Целостность данных помогает поддерживать внешний ключ. Например, удаления в таблице владельцев запустят удаления в таблице счетов. То есть, в SQL есть механизм привязывания к ресурсу. Все, кто привязались к данному ресурсу, реагируют на определённые события.
Проблема Влада, если я её правильно понял, заключается в том, что в SQL нет адекватного механизма, привязывающего триггеры и хранимые к некоторым ресурсам. Инструмент, связывающий две таблицы - это внешний ключ, а инструмента, привязывающего действия к типам данных, нет. Решение - сделать инструмент, хранящий всю схему БД внутри себя и дополняющий её своими правилами. Если выполнять изменения БД через инструмент, то в СУБД будут передаваться команды вроде тех, которые Вы привели выше.