1. Вы пишете, что внутри системы слабые связи.
Какие же они слабые? Исходя из определения системы, разрыв любой связи прекращает существование данной системы (но, возможно, создаёт другую).
Термин "слабые связи" - это из теории систем, туда он видимо попал из физики. "Слабые связи" - это связи, которые устанавливает система между своими элементами, по мере необходимости, система может перестраивать слабые связи. "Сильные связи" - это связи, благодаря которым образуются элементы системы, то есть связи внутри элемента. Если же из системы спустится в один из элементов, то внутри элемента, "сильные связи" будут снова называться "слабыми связями", а связи, которые образуют субэлементы будут называться "сильными", и т.д. Это только принятая терминология.
2. Получилось, что на каждый этап по две таблицы в БД?
В простом случае - да. Но таких простых случаев в природе нет. Возьмите те же ресурсы, они имеют какие-то характеристики, характеристики измеряются в каких-то единицах (иногда разных, как ГСМ, к примеру, в килограммах/тоннах и литрах). Но пока все эти детали неважны. Позже можно вернуться к каждой сущности и рассмотреть её подробнее, пока же мы говорим на концептуальном уровне, делая проекцию на реляционную БД.
Сами же сущности, да, представляются двумя таблицами на каждом этапе. Желательно, просто заполнить эти таблицы простыми данными и подумать над тем, что же получилось.
3. Три этапа пронумерованы.
Но они являются чёткими блоками. Может, у них есть свои имена?
Я не давал им имён, назовите сами, так как считаете нужным.
Связаны ли этапы с уровнями системы. Чтобы их можно было как-то соотносить.
По-моему связаны, но не упорядочены.
Нет, никак не связаны. Эту модель можно использовать на каждом уровне. Например, с её помощью можно описать производство, где с операции (элемента) на операцию передаются ресурсы (полуфабрикаты), но можно и описать макроэкономический уровень, где ресурсы (продукция) передаются от предприятия к предприятию. Все логические построения останутся справедливыми для любого уровня.