Может, AMD говно? 
Да, в данном случае процессор AMD медленнее Intel примерно в 4 раза. Остальные 54 раза - Mono.
А точно не линукс? ;-) И точно не из за какого-нибудь кеша?
Где именно просадка производительности?
То есть это может быть тормозная VM, это может быть кривость сгенеренного jit'ом кода (кстати, а у вас там точно не в режиме интерпретации все работает?) для конкретно amd, это может быть тормозная реализация одной из стандартных библиотек, это может быть проблема с тем, что у вас из за чего-то часто дергается syscall который исполняется ясное дело ме-едленно да еще и инвалидирует процессорный кеш.
Причем в разных ОС грабли с медленными стандартными функциями разложены в разных местах. Одна и та же функция из стандартной либе на одной системе может дергать syscall, а на другой (или в другой реализации) обходиться без syscall'а вообще.
Тонкостей уйма. Но все можно конечно свести к простым двум исходам:
1) monoLinuxAmd говно.
2) ваше прога говно (хорошая работа под виндузами не доказывает что оно не говно). :-)
Кстати, как ваша прога работает под monoWindowsIntel?