А у тебя похоже moduleLog не может найти, поскольку в кэше старый main.js. Обнови страницу, пожалуйста.
Я пробовал F5 не помогало, на другом компе обновило. Тебе надо поправить вот эту функцию:
function readModule(name){
return modules['mod'+name];
}
Во-первых, кидай исключение если модуль с именем name не найден. JS так просто исключения не кидает, поэтому это все падает много позже в непонятном месте.
Во-вторых, поскольку компилятор пытается избежать конфликтов со стандартными JS классами, то для Math модуля name будет 'Math$'. Пока можешь сделать костыль типа:
function readModule(name){
if (name == "Math$" )
name = "Math";
return modules['mod'+name];
}
В-третьих, создай issue на гитхабе

Я его фиксну - имя в читатель модулей должно приходить оригинальное - 'Math'.
В-четвертых, таки нажми F12 и посмотри, что там есть для отладки. Убогость языка компенсируется неплохим дебаггером в любом популярном браузере: Chrome, IE, FireFox, Safari.