Не помню, что именно и как делал, но тестовый hello.exe из папки примеров компилировал.
Пришлось ставить что-то из msdev пакета и явно прописывать пути.
D:\d\cm3\examples\hello\NT386\_m3responsefile0.txt
(содержание)
-out:hello.exe
-subsystem:console
-entry:mainCRTStartup
-nodefaultlib
-debug
-incremental:no
-opt:ref
-delayload:wsock32.dll
-delayload:advapi32.dll
-delayload:gdi32.dll
-delayload:netapi32.dll
-delayload:user32.dll
-delayload:comctl32.dll
_m3main.obj
Hello.mo
D:\cm3\pkg\libm3\NT386\m3.lib
D:\cm3\pkg\m3core\NT386\m3core.lib
D:\cm3\lib\winspool.lib
D:\cm3\lib\comctl32.lib
D:\cm3\lib\wsock32.lib
D:\cm3\lib\comdlg32.lib
D:\cm3\lib\netapi32.lib
D:\cm3\lib\gdi32.lib
D:\cm3\lib\user32.lib
D:\cm3\lib\advapi32.lib
D:\cm3\lib\kernel32.lib
C:\msdev\libcmt.lib
D:\cm3\bin\..\lib\hand.obj